利点は普通のコンロ等の調理に比べ、短い時間で調理できる、ということです。
欠点としては、一度マイクロ波で調理をすると味覚が低下するということです。
コンビニエンスストアやファーストフードで売られている食品は、電子レンジで温められることを前提にしています。マイクロ波を当てると食品の塩味が薄く感じられるようになるため、ほとんどの食品はそれを前提に塩分を濃くして売られています。
また、マイクロ波は食品の分子の回転摩擦によりその食品の温度をすばやく上昇させることができるのですが、そのためタンパク質やペプチド等分子の数の多い素材は味覚低下をおこしやすくなります。
最近ではこれを改善するため、蒸気過熱タイプのレンジが出来て人気を集めていますが、まだ販売価格が高く、電気の出力も大きく、食品が吸収する波長の領域がせまいです。

○電磁波の影響
昨今では電磁波の影響を盛んにメディアなどで取り上げられることが多いですが、波長と波長密度により危険性があるものとないものにわけられるのです。そもそも電磁波というのは空気や水と同じように生物に必要な物で、特に遠赤外線は育成光線とも呼ばれ、地上の生命は遠赤外線と水によって育まれているのです。
マイクロ波の電磁波に心配のある人（特にペースメーカーに依存している人）は電子レンジの使用が困難なときがありますが、遠赤外線にはその心配がありません。